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高通量测序
全转录组测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-09-24 | 4280 次浏览 | 分享到:


        转录组是指某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有
RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA)。目前研究较多的非编码RNA又包括:circRNA,miRNAs,及lncRNAs等?;诟咄坎庑蚱教ǖ淖甲椴庑蚣际跄芄蝗婊竦梦镏痔囟ㄗ橹蚱鞴俚淖急拘畔?,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。


        吉赛生物推出的全转录组测序服务主要针对
circRNA、lncRNA和mRNA,一举三得,一次测序可以同时得到三者分子的表达情况,可应用于新circRNA和lncRNA预测以及已知circRNA和lncRNA表达水平研究等。

技术路线

样品要求

        样品类型:细胞、新鲜组织、FFPE组织、血液或RNA样品。
        物种:人、大小鼠(特殊物种详询技术支持)
        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

测序方案

        测序模式 PE150
        测序数据量 10Gb

生物信息分析内容

? 基础分析

        1 原始数据质控检查

        2 比对结果质控检查

        3 基于基因表达的样品主成分分析

        4 差异基因表达及相关通路富集分析

        5 circRNA预测及鉴定

        6 circRNA差异分析

        7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析

        8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析

        9 长链非编码RNA差异分析

? 高级分析:

        1 基于基因表达的通路活性分析

        2 转录调控活性分析及通路互作分析

        3 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

        4 circRNA及靶向miRNA网络调控制图

 

案例展示

        竞争性内源RNA网络揭示了肺癌的复杂分子机制

        Crosstalk in competing endogenous RNA network reveals the complex molecular mechanism underlying lung cancer

        Oncotarget, 2017, Vol. 8, (No. 53), pp: 91270-91280

        IF5.168

        测序策略:全转录组测序(包含miRNA测序)

        样本分组:18对肺癌患者外周血及正常人外周血样本,每3例病症相似的样本混合后进行RNA抽提,测序样本为病人组6例及正常组6例,3对用于miRNA测序,3对用于全转录组测序。

 

        作者研究了肺癌发展的转录机制。本研究对肺癌病例组及健康对照组血液样本进行RNA测序分析,识别了一系列差异表达的miRNA、circRNA、mRNAlncRNA,并进行了通路富集分析?;?/span>miRNA靶向基因作用,建立起竞争性内源RNA互作网络,并筛选出重要节点。在肺癌患者中有59miRNA,18306个基因,232lncRNA292circRNA的表达发生显著改变(图1)。这些miRNA与癌症的通路、结直肠癌及癌症的转录错误调控等癌症相关的通路紧密相关。此外,差异表达的基因显著富集在嗅觉转导和神经活性配体受体相互作用这两条新的通路上(图2)。在竞争性内源RNA网络中发现了5个中枢miRNA(图3),其中在hsa-miR-582-3p hsa-miR-582-5pWnt信号通络中显著富集,且存在于转录因子调节网络中;hsa-miR-665MAPK信号通路密切相关。WT1ETV1的转录因子分别由hsa-miR-657 hsa-miR-582-5p调控,并调控雄激素受体基因表达。miR-582-5p、miRNA-582-3pmiR-657可能在肺肿瘤的发展中起重要的调节作用。本研究探索了肺癌发病的新机制,助力新疗法的发展。

 

1RNA高通量测序数据热图

A:病人组与正常组miRNA差异表达热图

B:病人组与正常组circRNA差异表达热图


 

2:差异表达基因及miRNA相关通路富集分析

 

3miRNA, circRNA, lncRNAmRNA竞争性内源RNA网络互作图


高通量测序?
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