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新品上市 | RNA-seq研究中rRNA去除的“福音”
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-11-10 | 3929 次浏览 | 分享到:





产品简介

转录组测序能全面快速地获得某一物种特定组织或器官在特定状态下的几乎所有转录本序列信息,是研究基因表达调控的主要手段。转录组测序中样品是来源于细胞或组织中经分离的总RNA,包括编码RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。对于转录组分析中的目标RNA(mRNA和LncRNA),rRNA的数据属于冗余信息,因为rRNA含量RNA总量80%以上,且提供的转录本信息非常少,浪费了宝贵的测序数据。所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除rRNA。

 

 

1:RNA分类导图

 

rRNA去除方法的比较

现有的用于rRNA去除的方法主要有两种。一种是通过DNA探针或者RNA探针杂交捕获rRNA再用链霉亲和素磁珠吸附去除的方法,这种方法称为Ribo-Zero-seq,比如Illumina Ribo-zero和Thermo RiboMinus系列所用的方法。这种方法操作简单,可应用于混合样本,但是需要的样本起始量高(1 μg以上)且对样本的完整性有较高要求,rRNA的残留率也相对比较高,价格昂贵。另一种方法的RNase H消化法,采用特异性的DNA探针与rRNA杂交,利用RNase H能够特异性消化DNA-RNA杂交链中的RNA单链,而未与探针杂交的mRNA,lncRNA等不受影响,从而富集目标RNA。该方法需要的样本起始量比较低(低至100 ng)且可适用于部分降解的样本,而且rRNA的残留率比方法一要低,价格相对便宜。吉赛生物的新品核糖体RNA去除试剂盒采用的方法是RNase H消化法,能够高效去除核糖体RNA。

 

 

图2:RNase H消化法原理图

 

高效去除rRNA

吉赛生物最新出品的核糖体RNA去除试剂盒[RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)] 正是利用RNase H消化的方法进行去除的。该试剂盒能够去除人、小鼠和大鼠Total RNA中的核糖体RNA(包括28S、18S、5.8S、5S和线粒体rRNA 16S、12S),保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等)。试剂盒中的杂交探针是由吉赛生物专业的研发团队精心设计的针对人/小鼠/大鼠等哺乳动物的特异性探针,在保证RNA转录本完整的前提下,达到最大化的去除rRNA的目的。并且,经过我们内部的多次测试,rRNA的去除效率立竿见影,屡试不爽。

 

 

图3:a)qPCR检测rRNA表达量的变化;b)qPCR检测GAPDH表达量的变化;c)rRNA残留率比较图

 

以下是吉赛生物研发实验室测试的部分数据,可见,Ribomoval试剂盒的rRNA去除效率高且效果稳定。

 

图4:吉赛生物研发实验室部分测试样本rRNA残留率

 

通过以上的研究对比分析可以看出,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat的整体性能略优于市面上的主流产品,对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例,是人、大小鼠等哺乳动物RNA文库构建中去除rRNA的优选。

 

产品特点

样品广泛:对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。

高效去除可有效去除人/小鼠/大鼠的95%-99.9%的rRNA,去除效率高且效果稳定。

数据全面保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等),使转录组数据更加全面。

兼容性强与各种RNA纯化方法和RNA建库试剂盒兼容。

 

适用范围

适用于人、小鼠或大鼠来源的0.1~1 μg Total RNA样本。

 

 

产品列表

货号

产品名称

规格

S0101

RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

12 rxns

S0102

RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

24 rxns

S0103

RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

48 rxns

S0104

RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

96 rxns



产品说明书
吉赛生物Ribomoval? rRNA Depletion Kit (HumanMouseRat)说明书Cat.No. S01

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